El NCIS investiga el asesinato del comandante Patrick Casey, que ha sido acribillado a balazos. Cerca del cuerpo descubren una piedra con un mensaje escrito con la propia sangre del comandante, que resulta ser el extracto de un manuscrito militar que tiene que ver con el paradero de unas armas que desaparecieron en Afganistán. Las primeras investigaciones apuntan a que el coronel había recibido una copia del mismo manuscrito. Aunque más adelante, descubren que otra de las copias había llegado a manos de la agente del FBI Elise Archer. El caso se complica cuando Gibbs y su equipo van a casa de Archer y la encuentran muerta.