Nuestros héroes han sido invitados por Carrasco, el mayor de los Profesores Encina, a unirse a él mientras explora unas ruinas que, al parecer, fueron el lugar de encuentro entre “el héroe” y Zekrom hace mucho tiempo. Carrasco les lee un pasaje de la sección 18 del capítulo oscuro de la mitología Pokémon: “Cuando el héroe convierte la oscuridad en luz y su corazón sea solo uno con el de los Pokémon, Zekrom descenderá y otorgará su poder al héroe.”